Добрый день!
Ключевая фраза в Вашем описании:
Цитата: ... Оборудование продается с наценкой, по товарной накладной, работы выставляются актом выполненных работ.
Поскольку продаете с наценкой, да еще и по отдельной накладной - это точно торговля. Если покупатель - физическое лицо, то это розничная торговля.
Определить, к какому типу розницы относится данная торговля и облагается ли ЕНВД, непросто.
Наиболее близко такая торговля подходит к понятию "разносная торговля".
Ведь Вы приносите товар непосредственно к покупателю и сделка заключается у него на дому.
Но не всё так очевидно, у налоговиков могут быть и другие мнения.
Более понятный вариант - включить стоимость оборудование в стоимость услуги.
В акте выполненных работ Вы можете просто указать, какое именно оборудование было поставлено. Можно и стоимость указать (но не обязательно), только без всякой наценки. Тогда стоимость оборудование будет частью всей стоимости работ (услуг).
Сейчас у Вас: отдельно купля продажа оборудование, отдельно услуги по монтажу.
Это не совсем логично и не соответствует фактическому положению вещей.
Ведь клиенту само по себе оборудование не нужно. Он просит Вас создать систему с такими-то параметрами. А уже Вы сами обеспечиваете наличие в системе того или иного оборудования.
И клиент принимает у Вас на отдельно оборудование и отдельно работу, а всю систему целиком - проверяет ее работоспособность, соответствие заданным параметрам и т.д.
Так что более логичен именно второй вариант - без отдельной купли-продажи оборудования.
Вот такое мое мнение.
Успехов!